رسیدگی در محاکم اختصاصی
معمولاً جرایمی در محکمه اختصاصی رسیدگی می­شوند که نیاز به بررسی اختصاصی و به قول معروف کارشناسی باشد. مانند جرایم مطبوعاتی که در دادگاه مطبوعات باید رسیدگی شود. به نظر می­رسد که دادرسی در محکمه­ای اختصاصی در جرم سیاسی می­تواند توجیه قانونی و اخلاقی و فلسفی داشته باشد، برخلاف آنچه که برخی از علمای حقوق با آن از در مخالفت بر می­آیند.
تنها اشکالی که به این بند می­توان گرفت این است که طبق مقررات قانون اساسی و قانون آئین دادرسی کیفری رسیدگی به کلیه­ی جرایم در صلاحیت دادگاه­های عمومی است مگر در مواردی که بنا به قانون در حوزه صلاحیت دادگاه انقلاب (و احیاناً دادگاه روحانیت یا مطبوعات) می­باشد.
طبق طح تصویبی مجلس تحت عنوان جرم سیاسی، به جرایم سیاسی در دادگاه­های عمومی تجدیدنظر مرکز استان متشکل از یک رئیس و دو دادرس به انتخاب رئیس کل دادگستری کل استان با حضور هیأت منصفه و به صورت علنی رسیدگی خواهد شد.
نمایندگان مجلس در یک تبصره از مواد این طرح تصریح کردند که سابقه­ی قضایی رئیس دادگاه رسیدگی کننده به جرایم سیاسی نباید کمتر از ۱۰ سال باشد و در صورت فقدان چنین شرطی در قضاوت، استان رسیدگی کننده از قضات استان­های دیگر استفاده خواهد کرد
همین قانون در ماده ۶ خود مطرح می­کند که (تشخیص سیاسی یا غیرسیاسی بودن جرم انتسابی با دادگاهی است که پرونده به آن ارجاع شده است).
بدین ترتیب قانون به طور ضمنی در ماده ۶ هم پذیرفته است که (در کنار دادگاه­های تجدیدنظر استان) مرجع رسیدگی کننده به جرایم سیاسی همان دادگاه­های عمومی هستند و این دادگاه­ها در صورت احراز غیرسیاسی بودن جرم نیز در صورت صلاحیت خود، می­توانند به آن جرم هم رسیدگی نمایند.
امّا چیزی که به نظر کمی عجیب می­آید، مصوبه متناقض نمایندگان مجلس در تبصره همین ماده می­باشد چرا که عنوان کرده است: (در صورتی که متهم یا وکیل وی به تشخیص دادگاه اعتراض کند و مدعی باشد که اتهام وارده از نوع اتهامات مربوط به جرایم سیاسی است، به این اعتراض در همان دادگاه با حضور هیأت منصفه خارج از نوبت رسیدگی می شود و در صورتی که نظر هیأت منصفه بر سیاسی بودن اتهام وارد باشد دادگاه نظر هیأت منصفه را رعایت خواهد کرد). (تبصره ماده ۶)

ابهامی که در این تبصره وجود دارد آن است که اولاً: اعتراض به حکم دادگاه را در مورد اینکه ادعا شود جرم سیاسی بوده، به همان دادگاه ارجاع داده و به عبارت دیگر یک دادگاه را مرجع تجدیدنظر همان دادگاه حاکم در دعوی بدون نموده که این امر برخلاف عرف قضایی و آئین دادرسی است.

ثانیاً در این تبصره نظر نهایی با هیأت منصفه است. برخلاف قوانین سابق که در آن نظر نهایی با رئیس دادگاه می­بود و این شاید نشانه نوعی بی­اعتمادی به دادگاه یا کاستن ارزش نهاد مقدّس قضاوت باشد. با این حال شاید چنین توجیه گردد که چون جرم سیاسی، دارای امتیازات خاصی است. لذا قانونگذار خواسته تا به نفع متهم قدم گذارده و تصمیم گیری در این رابطه را به عهده­ی هیأت منصفه گذاشته! از طرف دیگر می­توان نتیجه گرفت که هیأت مذکور نوعی مرجع تجدیدنظر از رأی دادگاه است، البته تنها در این مورد بخصوص، و گرنه همچنان که در مواد اولیه طرح مصوب مجلس تصریح شده مرجع تجدیدنظر آرای دادگاه­های رسیدگی کننده به جرایم رسیدگی کننده به جرایم سیاسی، دیوان عالی کشور می­باشد. (ماده ۷ طرح جرایم سیاسی مصوب مجلس)
وجود محکمه اختصاصی بدین دلیل است که نمی­توان با یک متفکر و نظریه پرداز جامعه که به علّت بیان دیدگاه خود و یا اعمالی چند منافع ملّی را ناخواسته به خطر انداخته است. همانند دزد و یا سارق و قاتل و مفسدفی­الارض برخورد کرد زیرا در بسیاری از جرایم سیاسی نکته نظر مثبت به افرادی که مجرم سیاسی نامیده می­شوند دارند و حتّی ممکن است اکثر آنان در میان مردم چهره­ای محبوب و مقبول داشته و نمی­توان با یک خطای کلامی تمام گذشته درخشان آن افراد را زیر سئوال برد فردی که زمانی وزیر کشور بود یا فردی که به عنوان مهره­های اصلی نظام بود و در میان مردم دارای پایگاه اجتماعی و سیاسی است. نمی­توان به علت داشتن طرز تفکری خاص که منجر به تهدید متافع ملّی شده در دادگاهی که یک فرد عادی محاکمه می­شود. محاکمه کرد دادگاه دارای هیأت منصفه قاضی مجرب و آگاه و مجتهد به امور حقوقی و حضور علنی اقشار مختلف مردم باشد تا هیچ هتک حرمتی نشود، هیچ حقی ناحق جلوه نکند و سر بی­گناهی بالای دار نرود. وجود محکمه اختصاصی به علّت امتیازات خاصی است که جامعه برای مجرم سیاسی به خاطر اندیشه اصلاح طلبانه و نوگرایانه قائل است و این خود مدلولی دیگر بر این است که مجرم سیاسی با مجرم عادی متفاوتی است.